Se seu disco for uma unidade IDE ou EIDE você deve ler o arquivo /usr/src/linux/drivers/block/README.ide (parte do código-fonte do "kernel" do Linux). Esse README contém várias sugestões úteis sobre unidades de disco IDE.
Discos SCSI são acessados através de números lineares de blocos; o BIOS cria alguma simulação de cilindros/cabeças/setores "lógicos" para atender ao DOS.
DOS, em geral, não estará em condições de acessar partições que se estendam além dos 1024 cilindros lógicos, e irá tornar a iniciação de um "kernel" Linux a partir dessas partições no mínimo problemática.
Você ainda poderá usar essas partições para Linux ou quaisquer outros sistemas operacionais que acessem a controladora de disco diretamente.
Recomendo criar no mínimo uma partição Linux contida inteiramente dentro do limite de 1024 cilindros lógicos e iniciar o sistema dessa partição; as outras partições estarão "OK".